有給休暇

この前、急性胃腸炎で入院した。
三日休んだが、社長がその休んだ分は有給休暇で見なすからと言ってたので皆勤賞には影響がないと思った。しかし、給料から皆勤賞がなくなった。
なんで？と思って一応専務に聞いてみたが、専務は休んだのは事実だからと。また社長が特別に有休にしたからいいじゃないのと（実は会社は簡単に有給休暇を取らせない状況）、却って俺のほうが社長に感謝しないといけないらしい。
はぁーー！？俺が感謝？なんで？
それで調べてみたが、有休を取ったからといって、いかなる不利になるような扱いをされたらそれは会社の違法行為に当たると、つまり、俺に皆勤賞を出さないといけない。
もし、有休扱いにしないで皆勤賞を引いても俺は文句ないけど、有休にした以上は出してほしい。
たぶん、うちの会社は大体会社を辞めるときに有給休暇を取らせる方針を採っているらしいが、こういう風に無理矢理有休取らして、やめる時は一日も有休の日数を減らす狙いもなくもないのではと俺は思っているが、皆さんはどう思いますか。
ちなみに、有給休暇って毎年毎年貯まるもんですか。