高橋先生、御教示願います。

こんにちは、
現在、人文知識、国際業務のビザを持っている者ですが、（今年２月に取ったばかりです。）
会社の経営が悪化し、５月いっぱいで解雇されました。
そこで、元子会社だった会社（外食産業、東京に寿司店が２店舗のみ）が経理として雇ってくださるとのことです。
それで、先日入国管理局に問い合わせに行きましたら転職手続をするように言われました。
転職手続が必要なのはわかっているのですが、転職先の会社は株式会社ではありますが、言わばレストランですので
就労資格証明書を提出した場合、不許可になるのが心配です。

こういったケースを取り扱ったことなどございましたら、ぜひアドバイスをいただきたいです。
お忙しいところ、お手数お掛けしますがよろしくお願い致します。