教えて下さい

去年の３月に内定して１０月末から研修を始め、今年３月に専門学校を卒業してビザを申請したけど会社の業務内容と必ずしも外国人を雇わなきゃいけないと言う理由が合わない為不許可となりました。勿論、入管に行って詳しい理由を聞いて会社でも書類を新しく作って再申請すると言う事になりましたが、既に今日から正式に入社し、仕事を始めました。もし、審査官から今会社に通っていますかって聞かれたら正直に言ってもいいですか？
もし、誰かこんな状況にどうすればいいかわかるんであれば教えて下さい。お願いします。